לאחר שמבינים שגם מלכ"ר וגם חברה מסחרית אמורים לבצע הנהלת חשבונות, ראוי להוסיף שישנם כללים מסוימים הרלוונטיים לצורת התאגדות אחת ולא לאחרת. עם זאת, ישנם כללים חשבונאיים אשר רלוונטיים וכמעט זהים גם עבור עמותות וגם עבור חברות מסחריות.
עמותות ותמיכות
עבור כל מי ששוקל להתנהל בצורה של עמותה ורוצה להבין את ההבדל היסודי לעומת עסק למטרת רווח, חשוב להבין מקור מרכזי לתקבולים במלכ"רים לעומת חברות. מלכ"ר שהינו עמותה יכול לקבל תרומות ותמיכות מגורמים שונים, לרבות רשויות המדינה.
מבחינה המדינה, עמותה שרוצה ליהנות מזכאות לתמיכה כספית חייבת להתנהל בצורה תקינה, לרבות ניהול ספרים. עיקרון רלוונטי נוסף שעמותה ומלכ"ר מחויבים לעמוד בו ולהביא לו ביטוי גם בהנהלת חשבונות הוא איסור על חלוקה של רווחים או דיבידנדים. לעומת חברה, שיכולה לחלק רווחים, לעמותה אסור לעשות זאת שכן זה מנוגד לאופי ולתכלית של מלכ"ר.
סוגי רישום חשבונאי
הבדל מרכזי בהנהלת חשבונות של עמותות לעומת חברות מסחריות ניתן למצוא בצורת הרישום החשבונאי. בעוד שמרבית החברות ובוודאי המצליחות שבהן מחויבות לערוך רישום של הנהלת חשבונות בשיטה הכפולה, יש לא מעט עמותות שיכולות לבצע רישום בשיטה שנקראת חד צידית.
בהנהלת חשבונות חד צידית מתבצע רישום רק של הכנסות ושל הוצאות. שיטה זו מתאימה למלכ"ר שהכנסותיו השנתיות מגיעות לפחות מסך של 750 אלף ₪. הרישום יכול להתבצע באופן ממוחשב או בספר שנקרא ספר תקבולים ותשלומים. יש לציין שבדומה לחברה, יש צורך לשמור מסמכים כגון חשבוניות וקבלות.
הנהלת חשבונות בשיטה הכפולה נמצאת בשימוש הן בחברות והן בעמותות בעלות מחזור כספי משמעותי. גוף כזה יבצע רישום מדוקדק של כל תקבול וכל תשלום, של כל שיק וכל תנועת יומן אחרת לרבות פעילות בנקאית. בדומה לעסק ולחברה מסחרית, עמותה מסוג זה תחזיק ברשותה פנקס קבלות וחשבון הוצאות שיכיל פירוט מתאים.
עמותה וביקורת כספית
לכל עמותה חייבת להיות וועדת ביקורת מסודרת. עבור עמותות שמגלגלות מחזור כספי של מיליון ₪ בשנה, ישנה חובה להיעזר ברואה חשבון לצורך ביצוע ביקורת על הדוח הכספי (שנגזר מתוך מערכת הנהלת החשבונות). כאשר המחזור השנתי נמוך יותר, אין חובה להעסיק רואה חשבון והביקורת יכולה להיעשות למשל תוך שכירת שירותיו של מנהל חשבונות. מוטב שיהיה זה מנהל חשבונות עם ידע וניסיון בהיבט הכספי של עמותות, שיכול להיות בהחלט שונה מזה של חברות למטרות רווח.
גם במקרה של חברות יש כמובן חובה להגיש דוחות כספיים שונים, אך בהקשר של חברות יש משמעות לשאלה האם מדובר בחברה פרטית או שמא מדובר בחברה ציבורית. יש גם משמעות לשאלה האם החברה נסחרת בבורסה והאם היא רוצה להנפיק מניות, אגרות חוב וכדומה. יש לציין שעמותה מחויבת לעשות שימוש בכל הכנסותיה לקידום התכלית הבסיסית שלה על פי תחום פעילותה. דבר זה אמור כמובן להתבטא בהנהלת החשבונות ובאופן רישום הכניסה והיציאה של תקבולים ושל תשלומים.